Привел Стефан к государю и кожеозерского игумена Никона. Алексей Михаилович был покорен убежденной верой и религиозным рвением нового знакомого. Около 1646 г. по желанию царя Никон был посвящен в архимандриты московского Новоспасского монастыря — родовой обители Романовых. Молодой царь возлюбил душеспасительные беседы с Никоном и велел ему регулярно к себе приезжать. И приходя во дворец по пятницам к заутрене, Никон каждый случай использовал, чтобы просить государя спасти вдов и сирот от насилия начальников. Радуясь возможности лично вершить добрые дела, Алексей Михайлович велел архимандриту собирать челобитные обиженных. За три года слава справедливого Никона распространилась по Москве. Многие шли к нему в Новоспасский монастырь с просьбами о заступничестве, по пятницам становились на его пути во дворец, надеясь вручить жалобы. Никон сам читал после утреннего пения челобитные государю, который решал дела прямо в церкви и тут же вручал архимандриту указы.

Тем временем оказалась без пастыря Новгородская митрополия. Митрополит Аффоний состарился и просил отпустить на покой в Спасский Хутынский монастырь. Вопрос, кто должен занять его место, был политическим: энергичный Никон, как Новгородский митрополит, стал я первым кандидатом в патриархи на место престарелого Иосифа. Но чтобы занять эту кафедру, следовало выбрать верные ориентиры в идейной борьбе, развернувшейся при Московском дворе.

Голоса ревнителей благочестия были слышны всем, но какую перспективу открывала их позиция? В беседах с царем и в своих публичных выступлениях они стояли за сохранение в неповрежденном виде русских церковных обычаев и обрядов, ибо Русская церковь была, по их мнению, единственной опорой и защитой чистого православия. Два Рима пали — Москва же стоит, как Третий Рим, и четвертому не быть. Рим католический совратился, Константинополь греческий и епархии православного Востока больны — там вера православная "испроказилась магометанской прелестью от безбожных турок". Лишь Русь, верили ревнители и многие россияне, сияет благочестием, как свет солнечный.

Никон гордился неповрежденностью обрядов российского православия, цветущего под защитой единственного в мире православного царства. Он вместе с большинством русских сомневался в благоверии и благочестии православных, оставшихся на месте рухнувшей Византийской империи, ибо как не повредиться вере под властью иноверцев? Да и украинцы, живущие под католиками и смущаемые в униатство, подчиняясь патриарху Константинопольскому, не внушали доверия. Не раз собеседники слыхали от Никона, что греки и малороссы потеряли веру, крепости и добрых нравов у них нет, прельстили их покой и честь, делают они то, что им по нраву, а постоянства и благочестия у них не найти.

Но, говоря так в кружке ревнителей благочестия, Никон внимательно прислушивался и к более тонким речам протопопа Стефана. Он стал у него в доме завсегдатаем, обсуждал, кого советовать царю послать к патриарху Иосифу для поставления в митрополиты, архиепископы и епископы, архимандриты, игумены и протопопы. Никон начал понимать, что Стефан иначе относится к грекам, чем ревнители, хотя и не стремится обратить всех в свою веру. Главное же, что царь имел сходные со своим духовником взгляды.

Алексей Михайлович с детства любил и почитал православный Восток. Его дед, патриарх Филарет Никитич, ставленник Иерусалимского патриарха Феофана, оказывал щедрую помощь Иерусалимской церкви, вел оживленную переписку с патриархами Константинополя, Александрии и Антиохии, радушно принимал греков в Москве, пытался открыть греческую школу и внес в русские церковнослужебные книги и ритуал несколько исправлений по греческому образцу. Внук вполне унаследовал идею деда о единстве Русской церкви с Греческой. Если царь московский, как считали ревнители и значительная часть россиян, является гарантом благоверия и надеждой всего православия, если Российское государство — центр и зерно будущего земного царства Христа, не должен ли Алексей Михайлович обновить и утвердить союз православных церквей? Должен, считали самодержец и его советники, даже обязан обеспечить единомыслие церквей в нерушимом союзе.

С одной стороны, русские публицисты проповедовали предопределенную свыше миссию самодержавия, с другой — приезжавшие в Москву за милостыней греческие иерархи на все лады говорили об исключительном призвании российского государя в православном мире. Разница состояла лишь в том, что отечественные проповедники Третьего Рима и Нового Израиля (России) предлагали спасти православие путем распространения древних и "неповрежденных" русских книг и обрядов, тогда как "греки" себе приписывали роль "учителей Церкви" и распространителей истинной веры. Никон уловил, что Алексея Михайловича более привлекали не обрядовые тонкости, а идея унификации, как средства достижения полного единства православных церквей. Перед мысленным взором государя уже стояла Украина, а за ней — Константинополь с престолом древних благочестивых греческих царей, преемником и законным наследником которых считал себя Алексей Михайлович, поддерживаемый в этой мысли хором придворных и приезжих.

"Ты — столп твердый, и утверждение вере, и прибежище всех православных, томящихся под иноверным игом, — говорили царю. — От тебя ждем мы освобождения и надеемся увидеть, как патриарх Московский будет освящать собор Святой Софии". Сам Алексей Михайлович говорил, что хотел бы видеть всех пятерых православных патриархов, включая Московского, служащими в константинопольской Софии, что Бог взыщет с него, если царь не принесет в жертву войско, казну и кровь свою для освобождения православных от власти врагов веры.

Еще будучи архимандритом Новоспасским, Никон знал о конкретных шагах правительства по сближению Русской и Греческой церквей на подлежащих "освобождению" территориях. В 1648 г. государев Печатный двор издал "Книгу о вере" игумена Киевского Михайловского монастыря Нафанаила, в которой опровергалось расхожее для Руси мнение о потере греками благочестия. Греческая церковь, утверждал автор, хотя и в неволе пребывает, но светится правой верою. Российскому народу следует слушать в исправлении книжном вселенского патриарха Константинопольского. Помимо "Книги о вере" Печатный двор издал "Славянскую грамматику" Мелетия Смотрицкого с обширным и содержательным предисловием, "Малый катехизис" инициатора обновления украинской православной церкви Петра Могилы и другие южнорусские произведения, подтверждающие авторитет Греческой церкви.

Царь и его советники искали на Украине ученых богословов "для своего государева дела": перевода на славянский язык греческих книг, прежде всего Библии, имеющимся русским переводом которой были недовольны. С греческими книгами сверялась "Кормчая" (свод церковного права), "Шестоднев", учительное Евангелие. Над исправлением церковной литературы вместе с греками работали в Москве украинцы Арсений Сатановский, Епифаний Славинецкий, Дамаскин Птицкий и другие ученые мужи. Русский ученый Арсений Суханов был послан на православный Восток для описания существующих в Греческой церкви чинов и поиска древних книг для царской библиотеки.