20 января 1937 года комиссия Министерства авиации, проверяющая предприятия фирмы Focke-Wulf докладывала: «Работы, связанные с разработкой самолета тип FW-200, продвигаются успешно, большая часть чертежей находится в цехах, где по ним уже изготавливаются отдельные элементы конструкции. Большая часть сырья для производства также уже находится на складах фирмы».

Получившая строительный подряд фирма, перестраивающая помещения завода в Бремене, чтобы они были в состоянии вместить под своей крышей такой большой самолет, сорвала сроки из-за исключительно ранней и морозной зимы. Это стало одной из причин срыва назначенного на 1 августа 1937 года срока облета первого прототипа. Так как двигатели BMW-132G не были поставлены в срок, то на первый прототип были установлены американские двигатели фирмы Pratt & Whitley «Hornet» S1EG максимальной мощностью по 760 л.с. Планер FW-200 V1 был окончен в середине июля 1937 года, а первые наземные пробы были проведены 19 июля того же года. В письме Курту Танку, написанном 10 августа 1937 года, доктор Штиссель выражал надежду, что «вскоре он сможет прислать поздравления по поводу первого удачного полета». 6 сентября 1937 года FW-200 V1, в кабине которого занял место Курт Танк и Flugbaumeister Ганс Зандер, стартовал в свой первый полет (практически все публикации, посвященные истории FW-200, приводят ошибочную дату облета первого прототипа — 27 июля 1937 года. Эту информацию вероятно первым в начале 60-х годов привел Уильям Грин, и с этого времени она, не подвергаясь критике, повторялась во всем мире). Машина не несла каких-либо обозначений. Полет прошел без осложнений, все механизмы и оборудование работали без замечаний. В результате летных испытаний было решено изменить форму крыла, внешняя часть которого получила выразительный скос назад. Введенные изменения незначительно уменьшили размах (с 32,97 м до 32,84 м), а также несущую поверхность (с 120,00 м2 до 118,00 м2). Самолет получил регистрационный код D-AERE и собственное имя — «Brandenburg».

27 октября 1937 года был проведен технический облет второго прототипа, серийный номер WNr.2484, и уже 27 ноября 1937 года оба самолета были продемонстрированы публике на аэродроме Берлин-Темпельгоф. Второй прототип получил регистрационный код D-AETA и собственное имя «Westfalen». Эта машина была оснащена двигателями BMW-132G максимальной мощностью по 690 л.с. До конца 1937 года FW-200 V1 выполнил около 90 испытательных полетов, a FW-200 V2 — около 60.

Рапорт технического отдела фирмы Lufthansa, касающийся первого этапа испытаний, содержит следующие замечания: «Испытания FW-200 V1 и V2 не подтвердили ожидаемого прогресса. Первоначально проявились трудности поддержания нормальной температуры цилиндров двигателей, что привело к необходимости изменения формы капотов двигателей. Кроме того, проявился целый ряд замечаний относительно летных характеристик, из которых как наиболее важную следует отметить недостаточную устойчивость относительно поперечной оси при большой загрузке. Проведенные изменения вертикального оперения еще не принести ожидаемого эффекта, в результате необходимо продолжение работ. Намериваемся передать самолет для проведения испытаний в DLH (Deutsche Lufthansa), даже если наши ожидания относительно повышения устойчивости еще не будут выполнены упомянутым способом».

FW-200A-0, S3 (WNr.2895, D-AMHC «Nordmark»), преданный компании Lufthansa, 29 августа 1938 года.

Несмотря на эти замечания, общая оценка возможностей самолета была очень высока. Однако руководство компании Lufthansa прекрасно отдавало себе отчет, что введение в строй летом 1938 года обоих первых прототипов не приведет к особым изменениям на рынке воздушных сообщений Европы. Поэтому уже 5 апреля 1937 года, то есть еще до окончания постройки первого прототипа, DLH предложила фирме Focke-Wulf подготовить материалы, необходимые для постройки трех очередных экземпляров FW-200, которые должны были появиться в небе Европы одновременно с обоими прототипами летом 1938 года, правда, с единственной существенной оговоркой, что в случае несоответствия обоих прототипов установленным характеристикам Lufthansa не будет обязана их покупать. Для этих самолетов были зарезервированы следующие серийные номера: WNr.2893–2895.

Первой серийной машиной стал FW-200A-0, S1, WNr.2893, D-ADHR «Saarland». Летом 1938 года эта машина приняла участие в дальнем перелете из Берлина в Каир и обратно с намерением побить установленный на этой трассе рекорд скорости. В экипаж самолета в этом рекордном перелете входили: Курт Танк (пилот), Ганс Зандер (второй пилот), Хейдфефель (радиооператор), а также Болин и Ненстерманн (бортмеханики). Кроме экипажа на борту находилось также 15 пассажиров. Самолет стартовал с аэродрома Берлин-Темпельгоф 27 июня 1938 года в 00 часов 17 мин, и после промежуточной посадки в Салониках машина в 10 часов 38 мин приземлилась на аэродроме Каир-Хелиополис. Трасса длиной 3155 км была пройдена за 10 часов и 21 минуту, что означало среднюю скорость 304,831 км/час и, таким образом, новый рекорд трассы.

5 марта 1938 года два самолета в экспортном варианте Ka-1 заказала датская авиакомпания DDL (Det Danske Luftfartselskab). Это были машины с серийными номерами WNr.2894 (FW-200Ka-1, S2, OY-DAM «Dania», был перегнан заказчику лично Куртом Танком 14 июля 1938 года) и 2993 (FW-200Ka-1, S4, OY-DEM «Jutlandia», переданный в ноябре 1938 года).

«Jutlandia» был последним самолетом, который 31 августа 1939 года совершил плановый полет по трассе номер 27, связывающей Копенгаген через Гамбург с Лондоном. Авиасообщение между Копенгагеном и Лондоном возобновилось только 13 ноября 1939 года. На этой трассе с промежуточной посадкой в Амстердаме летали оба датских Кондора. Они, как машины нейтрального государства, несли в тот период специальную окраску, которая уже издалека должна была бросаться в глаза. Самолеты почти полностью были окрашены в оранжевый цвет с крупными черными надписями «Danmark».

На первом плане FW-200Ka-1, S4, OY-DEM «Jutlandia», за ним FW-200A-0, S1 (WNr.2893, D-ADHR «Saarland») на аэродроме в Копенгагене.

FW-200Ka-1, S2, OY-DAM «Dania» датской авиакомпании Det Danske Luftfartselskab.

В момент немецкой атаки на Данию, 9 апреля 1940 года, самолет OY-DAM «Dania», который пилотировал капитан Харольд Хансен, находился на аэродроме Шорехам, где был конфискован англичанами. 15 мая 1940 года машина получила регистрационный код G-AGAY и название «Wolf», а затем была передана английской авиакомпании BOAC (British Overseas Air Company). Однако авиакомпания не поставила самолет на обслуживание регулярных авиалиний, и он стоял на аэродроме Витчуч до 9 января 1941 года, когда капитан Хансен перелетел на нем в Вайт Валхам. Там самолет получил серийный номер RAF DX177 и должен был использоваться для обучения персонала пилотированию четырехмоторных самолетов. В очередной пробный полет машина стартовала только 12 июля 1941 года, пилотировал ее капитан Хансен, а также англичанин Кеннет Дей. Во время посадки самолет получил серьезные повреждения, которые нельзя было исправить, учитывая отсутствие запасных частей. В результате 18 января 1942 года машина пошла на слом.

Второй датский Condor, OY-DEM «Jutlandia», с 16 августа 1940 года продолжил рейсовые полеты, обслуживая трассы авиакомпании DDL. 26 января 1945 года он совершил последний полет по трассе Берлин — Копенгаген — Мальмо, где и был вынужден остаться из-за аварии двигателя. По всей вероятности, авария была все лишь уловкой со стороны датчан, так как уже в день капитуляции Германии, 9 мая 1945 года, самолет совершил пробный полег в Стокгольм, а уже на следующий день возвратился оттуда в Копенгаген. С 24 мая 1945 года машина снова начала рейсовые полеты. 4 сентября 1946 года, во время посадки на аэродроме Норхольт, сломалась стойка хвостового колеса, что привело к таким серьезным повреждениям фюзеляжа, что самолет уже больше не ремонтировали. 31 января 1947 года его исключили из реестра датских летательных аппаратов и сдали на слом.

Летом 1938 года на заводах Focke-Wulf продолжались интенсивные работы над переделкой первого прототипа FW-200 V1, который готовили для перелета через Атлантику. Самолет оснастили двигателями BMW-132L мощностью 750 л.с. Внутренность фюзеляжа доработали, разместив здесь дополнительные топливные баки. Объем авиационного бензина, размещенного на борту машины, увеличился до 10000 л, что повысило стартовую массу до 18000 кг. Переделанный самолет получил новый регистрационный код D-ACON.

FW-200A-0, S5 (WNr.2994, D-ARHW «Friesland»), переданный компании Lufthansa 13 января 1939 года.