Основной урожай ячменя и пшеницы-двузернянки получали с полей, только что удобренных илом и почти не требующих подготовки; затем на них выращивали овощи, бобы, лен, фрукты (хлопок не выращивался в больших объемах вплоть до 1820-х гг.), это был так называемый второй урожай года, который требовал более интенсивного труда и полива. Ирригация осуществлялась вручную, с помощью ведер, привязанных к коромыслу на плечах, пока в период Нового царства (ок. 1550–1069 гг. до н. э.) не изобрели гиадуф.Это подвешенный на столбе деревянный шест, на одном конце которого находится ведро, а на другом — перевес; шадуф позволял крестьянам поднимать воду из реки или канала, прилагая гораздо меньше физических усилий. Шадуф можно увидеть в действии и в современном Египте, хотя по большей части его вытеснили архимедов винт ( танбур) в V веке до н. э., а затем водяное колесо ( сакийя) двумя столетиями позже. Сакийя была самым крупным шагом вперед, который открыл новые земли для сельского хозяйства, поскольку этот инструмент обеспечил значительно большие и стабильные поставки воды для ирригации, что дало крестьянам возможность заняться другими делами, пока животные вращают колесо.

Во времена фараонов зерно жали весной, используя каменные или металлические серпы, молотили его, прогоняя скот по срезанным колосьям, а веяли, подбрасывая зерно маленькими деревянными лопатами, чтобы ветром унесло мякину. После просеивания зерно использовали для производства хлеба и пива — краеугольных камней египетского рациона питания — либо отправляли на хранение. Регулярные, тщательно составленные описи земли и ее производительности составлялись в целях налогообложения, налоги собирали продуктами, причем весьма жестко. Нилометры, найденные в Дендерах, Иене, Эдфу (Идфу), Ком-Омбо, Элефантине и Филе, использовались для измерения высоты нильских паводков, чтобы предсказать урожай зерновых, а также, вероятно, для предварительного определения размера налогов. Подъем на семь-восемь ярдов считался идеальным, но слишком высокий или низкий уровень мог нанести сокрушительный удар по экономике страны. Сельскохозяйственный год представлял собой «медленный» период при разливе, когда работы почти не было; это позволяло фараонам привлекать крестьян для осуществления отработки (трудового налога) в пользу государства: так обеспечивались возведение монументальных зданий, горные разработки, а также военные кампании.

Занимая более двух третей общей площади страны, Западная пустыня простирается от западных пределов долины Нила до прямой, словно прочерченной по линейке, границы с Ливией и Суданом — оттуда безлюдные равнины тянутся на сотни миль, поскольку все это — часть гигантского пустынного пояса Северной Африки. Несмотря на практически полное отсутствие дождей, Западная пустыня содержит довольно много воды: во впадинах существуют артезианские источники и обычные колодцы. Цепочка этих впадин образует серию из пяти главных оазисов: Сива, Бахарийя, Фарафра, Дахла и Харга; они протянулись с северо-запада на юго-восток, между ними есть мелкие колодцы и источники, сделавшие этот регион доступным для людей еще в доисторические времена, а также обеспечившие миграцию между Нилом и внутренними районами пустыни.

Сама пустыня представляет собой огромное известняковое плато, медленно повышающееся к югу на 1500 футов (450 м) и там соединяющееся с другой, Нубийской платформой из песчаника. На юго-западе равнина переходит в плато Гильф-Кебир, в высшей точке достигающее 3000 футов (900 м), за которым следует еще более высокий массив — Джебел-Увейнат, уходящий на территорию Судана и Ливии. Посреди монотонного пейзажа возникают необычные геологические образования, самым примечательным из них является волнообразное, словно океан, пространство золотых песчаных дюн, охватывающее солончаки впадины Каттара и опускающиеся на 300 футов (90 м) в районе Великого Песчаного моря вдоль ливийской границы. А на север от оазиса Фарафра находится так называемая Белая пустыня — загадочное скопление кристаллов кальцита, выступающих из песка подобием диковинных скульптур, обработанных и сформированных ветром.

По другую сторону Нила находится Восточная пустыня — каменистый и гористый регион, прорезанный глубокими долинами-вади, которые остаются сухими большую часть года, но после редких ливней по ним в сторону Нила или Красного моря устремляются потоки воды. Цепь высоких гор протянулась вдоль побережья Красного моря, многие пики превышают 4000 футов, и самым высоким из них является Джебел Шайиб эль-Банат — 7175 футов (2187 м). Массив состоит из вулканических и метаморфных скал, которые с доисторических времен служат источником сырья и ценных минералов, таких как кремень, гнейс, гранит, диорит, кварцит, песчаник и порфир. Древние торговые пути тянулись по негостеприимной местности, следуя за глубоко прорезанными ущельями и горными проходами наподобие Вади Хаммамет — важнейшего связующего звена между Нилом и Красным морем.

Синайский полуостров представляет собой треугольник между Суэцким заливом и Суэцким каналом на западе и заливом Акаба и пустыней Негев на востоке; это часть той же геологической системы, что и Восточная пустыня. Южная оконечность заполнена нагромождением острых как нож пиков, включая величайшие горы Египта — гору Св. Екатерины (8668 футов или 2642 м) и гору Синай (7497 футов или 2285 м), библейские пики, на одной из которых Моисей получил скрижали с Десятью заповедями. Северная часть полуострова менее гористая, но не менее суровая, это продуваемая всеми ветрами пустынная равнина, покрытая песком и гравием, пересеченная каменистыми котлованами и пересохшими руслами водных потоков, редкими скоплениями холмов и обнажениями горных пород. Вдоль побережья тянутся песчаные дюны и соляные болота, среди которых можно обнаружить пунктирную линию колодцев со свежей водой — от Египта до Ближнего Востока. Синай — нечто большее, чем торговый коридор, он буквально пропитан историей, мифами и памятью о древних войнах. По этому пути шли израильтяне в поисках Земли Обетованной, здесь проходили христиане и мусульмане; много раз полуостров становился ареной сражений, целью которых было защитить Египет.

Климат Египта соответствует преобладанию пустыни на территории страны. В целом, погода там сухая и жаркая летом (с мая по сентябрь), прохладная и мягкая зимой (с ноября по март) и солнечная на протяжении всего года. На севере жара и засуха немного смягчаются влиянием Средиземного моря, а большая часть осадков приходится на Александрию — около 180 мм в год, дожди выпадают обычно зимой и в межсезонье. Летом жара и духота в сочетании с высокой влажностью просто невыносимы, но зимой может быть довольно холодно, сыро и ветрено.

Чем дальше на юг, тем меньше вероятность дождей, так что в Каире выпадает в среднем около 25 мм осадков в год, в Асуане — около 3 мм, а в пустыне — еще меньше. В среднем летний температурный максимум также заметно вырастает при продвижении с севера на юг: от 30 °C в Александрии до 36° в Каире и 41° в Асуане, а в самые жаркие годы столбик термометра поднимается до 50 °C. На самом деле здесь не редкость экстремальные явления природы, летом страна погружается в жару, а зимой порой случаются непредсказуемые периоды холода.