Предусматривалась следующая схема боевого использования самолета: в первое время после взлета самолет управляется по радио с земли; примерно за 2 км до цели управление переходит к летчику, который подводит истребитель вплотную к самолету противника и выпускает снаряды.

Так как основным требованием к конструкции этого уникального истребителя-перехватчика были способность вертикального взлета и чрезвычайно высокая скороподъемность, то для удовлетворения этим требованиям было решено сосредоточить все внимание на факторе скороподъемности в ущерб другим качествам, как, например, нагрузке на крыло в обычном полете и при посадке. По существу, проект полностью исключал возможность нормальной посадки, и первоначально даже предполагалось каждый раз жертвовать всем самолетом. В дальнейшем, однако, была предусмотрена возможность для пилота выбрасываться с парашютом после выполнения боевого задания, причем на парашюте же должна была спускаться вся задняя часть фюзеляжа самолета, несущая двигатель.

Тактическая схема боевого использования истребителя-перехватчика Ва-349: 1 — старт, 2 — набор высоты, 3 — запуск снарядов R4M или Fohn, 4 — снижение, 5 — разделение самолета на части, 6 — спуск на парашютах ракетного двигателя и пилота.

Компоновочная схема истребителя-перехватчика Ва-349: 1-контейнер с парашютом, 2-аппаратура двигателя HWK 109-509С- 1,3-сопло двигателя, 4-откидывающаяся часть фонаря кабины, 5-загоповник кресла пилота, 6-бронестекло, 7-прицел, 8-стартовые твердотопливные ракеты «Шмиддинг», 9-крюк для катапульты, 10-металлическая законцовка крыла для рельвовых направляющих катапульты, 11-деревянный набор крыла, 12-топливный бак компонента «Т-штофф», 13-топливный бак компонента «С-штофф», 14-заливная горловина, 15-задняя бронеспинка, 16- кресло пилота, 17-пердняя бронеплита, 18- контейнер для реактивных снарядов, 19-реакгивный снаряд Hs-217 Fohn

Летные испытания “Наттера” были начаты в декабре 1944 г. Первоначально проводились безмоторные исследования управляемости этого самолета, буксируемого бомбардировщиком “Хейнкель-111”, а 14 февраля 1945 г. были проведены первые испытания самолета в свободном полете: “Хейнкель-111” поднял “Наттер” на высоту 5500 м, после чего летчик-испытатель Ханс Цюберт взял управление на себя. Самолет перешел в пологое пикирование, при этом во всем диапазоне скоростей от 200 до 700 км/час его устойчивость в полете и управляемость были достаточно высоки. На высоте 900 м Цюберт привел в действие спасательный комплекс, после чего он сам и части его самолета были успешно доставлены на землю на парашютах.

Успех летных испытаний позволил перейти к следующему этапу испытаний — запуску самолета с пусковой установки. 25 февраля 1945 года четыре пороховые стартовые ракеты 109–533 “Шмидцинг” подняли самолет с манекеном вместо летчика в кабине в воздух, и по истечении 10 секунд отделились от самолета, произошло включение ракетного двигателя, самолет достиг заданной высоты и затем его части и манекен благополучно спустились на землю на парашютах.

Однако выполненный 28 февраля первый пилотируемый полет окончился трагически — на высоте примерно 450 м произошло отделение фонаря кабины летчика, самолет опрокинулся на спину и врезался в землю. Пилот-испытатель Лотар Зибер погиб.

Гибель Зибера не отразилась существенным образом на программе испытаний, и уже в марте были произведены три успешных пилотируемых запуска “Наттеров”. После этого было принято решение о прекращении испытаний и передаче самолета в серийное производство.

Серийная модификация самолета имела обозначение Ва-349В (“Берта”), а опытной модификации было присвоено обозначение Ва-349А (“Антон”). Серийная модификация имела модифицированный ракетный двигатель HWK-109-509C с максимальной тягой 2000 кг. Он был снабжен дополнительной маршевой камерой сгорания, позволявшей за счет уменьшения тяги до 200 кг увеличить время полета самолета с двух до четырех минут.

Параллельно с развертыванием серийного производства в начале апреля в районе Штуттгарта началось сооружение стартовой площадки для самолетов “Наттер”, на которой монтировалось 10 пусковых установок. Однако эти работы, как и организация серийного производства не были завершены. Пусковые установки и завод по выпуску “Наттеров” в Вальдзее были захвачены американцами. Всего было изготовлено 36 фюзеляжей самолетов “Наттер”, из которых 22 были использованы для испытаний.

В середине 1944 года германским Институтом динамики полета DVL рассматривался и был одобрен проект планера-истребителя, предназначенного для действий против бомбардировщиков противника с предельно малых дистанций.