Позиция, занятая армянской церковью, так же как и осуждение ею актов Халкидонского собора, которая, отделив ее от других церквей, в значительной степени способствовала сохранению ее индивидуальности, в то же время являлась источником множества трудностей во взаимоотношениях с Византией. Ведь на протяжении всего периода их взаимоотношений византийцы использовали все возможные средства – иногда убеждение путем дискуссий, но чаще запугивания, гонения и массовые депортации, – чтобы привести армян в границы ортодоксальной церкви. Также в период существования Киликийского царства вопрос религии значил очень много в отношениях с Западом, и прежде всего с папством.

Если от проблем, связанных с доктринами и отношениями с другими христианскими сообществами, мы обратимся к положению армянской церкви среди армян, то увидим, что она была главным оплотом национального единства, единственной организацией, которая сохраняла активность даже тогда, когда страну завоевывали и разрушали, когда прекращалась политическая жизнь. Сохраняя язык и традиции народа, церковь способствовала выживанию армян как нации.